Das Mercator Kolleg für internationale Aufgaben führen in der Schweiz die Schweizerische Studienstiftung und die Stiftung Mercator Schweiz in Kooperation mit dem Eidgenössischen Departement für auswärtige Angelegenheiten durch.
In Deutschland sind es die Studienstiftung des deutschen Volkes und das Mercator Program Center for International Affairs (gefördert durch die Stiftung Mercator) in Kooperation mit dem Auswärtigen Amt. Rektoren des Mercator Kollegs für internationale Aufgaben sind Dr. Jenö Staehelin, Mitglied des Internationalen Komitees vom Roten Kreuz und ehemaliger Botschafter beim Heiligen Stuhl, in Japan und bei den Vereinten Nationen in New York, und Prof. Dr. Klaus Scharioth, ehemaliger Staatssekretär im Auswärtigen Amt und Botschafter in Washington.
